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Robert Fulton

Assistant Professor of Genetics

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    1994 …2022

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    • 2013

      The cancer genome atlas pan-cancer analysis project

      Weinstein, J. N., Collisson, E. A., Mills, G. B., Shaw, K. R. M., Ozenberger, B. A., Ellrott, K., Sander, C., Stuart, J. M., Chang, K., Creighton, C. J., Davis, C., Donehower, L., Drummond, J., Wheeler, D., Ally, A., Balasundaram, M., Birol, I., Butterfield, Y. S. N., Chu, A., Chuah, E., & 316 othersChun, H. J. E., Dhalla, N., Guin, R., Hirst, M., Hirst, C., Holt, R. A., Jones, S. J. M., Lee, D., Li, H. I., Marra, M. A., Mayo, M., Moore, R. A., Mungall, A. J., Robertson, A. G., Schein, J. E., Sipahimalani, P., Tam, A., Thiessen, N., Varhol, R. J., Beroukhim, R., Bhatt, A. S., Brooks, A. N., Cherniack, A. D., Freeman, S. S., Gabriel, S. B., Helman, E., Jung, J., Meyerson, M., Ojesina, A. I., Pedamallu, C. S., Saksena, G., Schumacher, S. E., Tabak, B., Zack, T., Lander, E. S., Bristow, C. A., Hadjipanayis, A., Haseley, P., Kucherlapati, R., Lee, S., Lee, E., Luquette, L. J., Mahadeshwar, H. S., Pantazi, A., Parfenov, M., Park, P. J., Protopopov, A., Ren, X., Santoso, N., Seidman, J., Seth, S., Song, X., Tang, J., Xi, R., Xu, A. W., Yang, L., Zeng, D., Auman, J. T., Balu, S., Buda, E., Fan, C., Hoadley, K. A., Jones, C. D., Meng, S., Mieczkowski, P. A., Parker, J. S., Perou, C. M., Roach, J., Shi, Y., Silva, G. O., Tan, D., Veluvolu, U., Waring, S., Wilkerson, M. D., Wu, J., Zhao, W., Bodenheimer, T., Hayes, D. N., Hoyle, A. P., Jeffreys, S. R., Mose, L. E., Simons, J. V., Soloway, M. G., Baylin, S. B., Berman, B. P., Bootwalla, M. S., Danilova, L., Herman, J. G., Hinoue, T., Laird, P. W., Rhie, S. K., Shen, H., Triche, T., Weisenberger, D. J., Carter, S. L., Cibulskis, K., Chin, L., Zhang, J., Sougnez, C., Wang, M., Getz, G., Dinh, H., Doddapaneni, H. V., Gibbs, R., Gunaratne, P., Han, Y., Kalra, D., Kovar, C., Lewis, L., Morgan, M., Morton, D., Muzny, D., Reid, J., Xi, L., Cho, J., Dicara, D., Frazer, S., Gehlenborg, N., Heiman, D. I., Kim, J., Lawrence, M. S., Lin, P., Liu, Y., Noble, M. S., Stojanov, P., Voet, D., Zhang, H., Zou, L., Stewart, C., Bernard, B., Bressler, R., Eakin, A., Iype, L., Knijnenburg, T., Kramer, R., Kreisberg, R., Leinonen, K., Lin, J., Liu, Y., Miller, M., Reynolds, S. M., Rovira, H., Shmulevich, I., Thorsson, V., Yang, D., Zhang, W., Amin, S., Wu, C. J., Wu, C. C., Akbani, R., Aldape, K., Baggerly, K. A., Broom, B., Casasent, T. D., Cleland, J., Dodda, D., Edgerton, M., Han, L., Herbrich, S. M., Ju, Z., Kim, H., Lerner, S., Li, J., Liang, H., Liu, W., Lorenzi, P. L., Lu, Y., Melott, J., Nguyen, L., Su, X., Verhaak, R., Wang, W., Wong, A., Yang, Y., Yao, J., Yao, R., Yoshihara, K., Yuan, Y., Yung, A. K., Zhang, N., Zheng, S., Ryan, M., Kane, D. W., Aksoy, B. A., Ciriello, G., Dresdner, G., Gao, J., Gross, B., Jacobsen, A., Kahles, A., Ladanyi, M., Lee, W., Lehmann, K. V., Miller, M. L., Ramirez, R., Rätsch, G., Reva, B., Schultz, N., Senbabaoglu, Y., Shen, R., Sinha, R., Sumer, S. O., Sun, Y., Taylor, B. S., Weinhold, N., Fei, S., Spellman, P., Benz, C., Carlin, D., Cline, M., Craft, B., Goldman, M., Haussler, D., Ma, S., Ng, S., Paull, E., Radenbaugh, A., Salama, S., Sokolov, A., Swatloski, T., Uzunangelov, V., Waltman, P., Yau, C., Zhu, J., Hamilton, S. R., Abbott, S., Abbott, R., Dees, N. D., Delehaunty, K., Ding, L., Dooling, D. J., Eldred, J. M., Fronick, C. C., Fulton, R., Fulton, L. L., Kalicki-Veizer, J., Kanchi, K. L., Kandoth, C., Koboldt, D. C., Larson, D. E., Ley, T. J., Lin, L., Lu, C., Magrini, V. J., Mardis, E. R., McLellan, M. D., McMichael, J. F., Miller, C. A., O'Laughlin, M., Pohl, C., Schmidt, H., Smith, S. M., Walker, J., Wallis, J. W., Wendl, M. C., Wilson, R. K., Wylie, T., Zhang, Q., Burton, R., Jensen, M. A., Kahn, A., Pihl, T., Pot, D., Wan, Y., Levine, D. A., Black, A. D., Bowen, J., Frick, J., Gastier-Foster, J. M., Harper, H. A., Helsel, C., Leraas, K. M., Lichtenberg, T. M., McAllister, C., Ramirez, N. C., Sharpe, S., Wise, L., Zmuda, E., Chanock, S. J., Davidsen, T., Demchok, J. A., Eley, G., Felau, I., Sheth, M., Sofia, H., Staudt, L., Tarnuzzer, R., Wang, Z., Yang, L., Zhang, J., Omberg, L., Margolin, A., Raphael, B. J., Vandin, F., Wu, H. T., Leiserson, M. D. M., Benz, S. C., Vaske, C. J., Noushmehr, H., Wolf, D., Veer, L. V. T., Anastassiou, D., Yang, T. H. O., Lopez-Bigas, N., Gonzalez-Perez, A., Tamborero, D., Xia, Z., Li, W., Cho, D. Y., Przytycka, T., Hamilton, M., McGuire, S., Nelander, S., Johansson, P., Jörnsten, R. & Kling, T., Oct 1 2013, In: Nature Genetics. 45, 10, p. 1113-1120 8 p.

      Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

      Open Access
      4172 Scopus citations

    • The genomic landscape of hypodiploid acute lymphoblastic leukemia

      Holmfeldt, L., Wei, L., Diaz-Flores, E., Walsh, M., Zhang, J., Ding, L., Payne-Turner, D., Churchman, M., Andersson, A., Chen, S. C., Mccastlain, K., Becksfort, J., Ma, J., Wu, G., Patel, S. N., Heatley, S. L., Phillips, L. A., Song, G., Easton, J., Parker, M., & 43 othersChen, X., Rusch, M., Boggs, K., Vadodaria, B., Hedlund, E., Drenberg, C., Baker, S., Pei, D., Cheng, C., Huether, R., Lu, C., Fulton, R. S., Fulton, L. L., Tabib, Y., Dooling, D. J., Ochoa, K., Minden, M., Lewis, I. D., To, L. B., Marlton, P., Roberts, A. W., Raca, G., Stock, W., Neale, G., Drexler, H. G., Dickins, R. A., Ellison, D. W., Shurtleff, S. A., Pui, C. H., Ribeiro, R. C., Devidas, M., Carroll, A. J., Heerema, N. A., Wood, B., Borowitz, M. J., Gastier-Foster, J. M., Raimondi, S. C., Mardis, E. R., Wilson, R. K., Downing, J. R., Hunger, S. P., Loh, M. L. & Mullighan, C. G., Mar 2013, In: Nature Genetics. 45, 3, p. 242-252 11 p.

      Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

      464 Scopus citations

    • The Oxytricha trifallax Macronuclear Genome: A Complex Eukaryotic Genome with 16,000 Tiny Chromosomes

      Swart, E. C., Bracht, J. R., Magrini, V., Minx, P., Chen, X., Zhou, Y., Khurana, J. S., Goldman, A. D., Nowacki, M., Schotanus, K., Jung, S., Fulton, R. S., Ly, A., McGrath, S., Haub, K., Wiggins, J. L., Storton, D., Matese, J. C., Parsons, L., Chang, W. J., & 9 othersBowen, M. S., Stover, N. A., Jones, T. A., Eddy, S. R., Herrick, G. A., Doak, T. G., Wilson, R. K., Mardis, E. R. & Landweber, L. F., Jan 2013, In: PLoS biology. 11, 1, e1001473.

      Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

      Open Access
      157 Scopus citations

    • The somatic genomic landscape of glioblastoma

      TCGA Research Network, Oct 10 2013, In: Cell. 155, 2, p. 462 1 p.

      Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

      Open Access
      3071 Scopus citations

    • Whole-genome sequencing identifies genetic alterations in pediatric low-grade gliomas

      Zhang, J., Wu, G., Miller, C. P., Tatevossian, R. G., Dalton, J. D., Tang, B., Orisme, W., Punchihewa, C., Parker, M., Qaddoumi, I., Boop, F. A., Lu, C., Kandoth, C., Ding, L., Lee, R., Huether, R., Chen, X., Hedlund, E., Nagahawatte, P., Rusch, M., & 28 othersBoggs, K., Cheng, J., Becksfort, J., Ma, J., Song, G., Li, Y., Wei, L., Wang, J., Shurtleff, S., Easton, J., Zhao, D., Fulton, R. S., Fulton, L. L., Dooling, D. J., Vadodaria, B., Mulder, H. L., Tang, C., Ochoa, K., Mullighan, C. G., Gajjar, A., Kriwacki, R., Sheer, D., Gilbertson, R. J., Mardis, E. R., Wilson, R. K., Downing, J. R., Baker, S. J. & Ellison, D. W., Jun 2013, In: Nature Genetics. 45, 6, p. 602-612 11 p.

      Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

      593 Scopus citations
    • 2012

      A framework for human microbiome research

      Methé, B. A., Nelson, K. E., Pop, M., Creasy, H. H., Giglio, M. G., Huttenhower, C., Gevers, D., Petrosino, J. F., Abubucker, S., Badger, J. H., Chinwalla, A. T., Earl, A. M., Fitzgerald, M. G., Fulton, R. S., Hallsworth-Pepin, K., Lobos, E. A., Madupu, R., Magrini, V., Martin, J. C., Mitreva, M., & 228 othersMuzny, D. M., Sodergren, E. J., Versalovic, J., Wollam, A. M., Worley, K. C., Wortman, J. R., Young, S. K., Zeng, Q., Aagaard, K. M., Abolude, O. O., Allen-Vercoe, E., Alm, E. J., Alvarado, L., Andersen, G. L., Anderson, S., Appelbaum, E., Arachchi, H. M., Armitage, G., Arze, C. A., Ayvaz, T., Baker, C. C., Begg, L., Belachew, T., Bhonagiri, V., Bihan, M., Blaser, M. J., Bloom, T., Bonazzi, V. R., Brooks, P., Buck, G. A., Buhay, C. J., Busam, D. A., Campbell, J. L., Canon, S. R., Cantarel, B. L., Chain, P. S., Chen, I. M. A., Chen, L., Chhibba, S., Chu, K., Ciulla, D. M., Clemente, J. C., Clifton, S. W., Conlan, S., Crabtree, J., Cutting, M. A., Davidovics, N. J., Davis, C. C., Desantis, T. Z., Deal, C., Delehaunty, K. D., Dewhirst, F. E., Deych, E., Ding, Y., Dooling, D. J., Dugan, S. P., Michael Dunne, W., Scott Durkin, A., Edgar, R. C., Erlich, R. L., Farmer, C. N., Farrell, R. M., Faust, K., Feldgarden, M., Felix, V. M., Fisher, S., Fodor, A. A., Forney, L., Foster, L., Di Francesco, V., Friedman, J., Friedrich, D. C., Fronick, C. C., Fulton, L. L., Gao, H., Garcia, N., Giannoukos, G., Giblin, C., Giovanni, M. Y., Goldberg, J. M., Goll, J., Gonzalez, A., Griggs, A., Gujja, S., Haas, B. J., Hamilton, H. A., Harris, E. L., Hepburn, T. A., Herter, B., Hoffmann, D. E., Holder, M. E., Howarth, C., Huang, K. H., Huse, S. M., Izard, J., Jansson, J. K., Jiang, H., Jordan, C., Joshi, V., Katancik, J. A., Keitel, W. A., Kelley, S. T., Kells, C., Kinder-Haake, S., King, N. B., Knight, R., Knights, D., Kong, H. H., Koren, O., Koren, S., Kota, K. C., Kovar, C. L., Kyrpides, N. C., La Rosa, P. S., Lee, S. L., Lemon, K. P., Lennon, N., Lewis, C. M., Lewis, L., Ley, R. E., Li, K., Liolios, K., Liu, B., Liu, Y., Lo, C. C., Lozupone, C. A., Dwayne Lunsford, R., Madden, T., Mahurkar, A. A., Mannon, P. J., Mardis, E. R., Markowitz, V. M., Mavrommatis, K., McCorrison, J. M., McDonald, D., McEwen, J., McGuire, A. L., McInnes, P., Mehta, T., Mihindukulasuriya, K. A., Miller, J. R., Minx, P. J., Newsham, I., Nusbaum, C., O'Laughlin, M., Orvis, J., Pagani, I., Palaniappan, K., Patel, S. M., Pearson, M., Peterson, J., Podar, M., Pohl, C., Pollard, K. S., Priest, M. E., Proctor, L. M., Qin, X., Raes, J., Ravel, J., Reid, J. G., Rho, M., Rhodes, R., Riehle, K. P., Rivera, M. C., Rodriguez-Mueller, B., Rogers, Y. H., Ross, M. C., Russ, C., Sanka, R. K., Sankar, P., Fah Sathirapongsasuti, J., Schloss, J. A., Schloss, P. D., Schmidt, T. M., Scholz, M., Schriml, L., Schubert, A. M., Segata, N., Segre, J. A., Shannon, W. D., Sharp, R. R., Sharpton, T. J., Shenoy, N., Sheth, N. U., Simone, G. A., Singh, I., Smillie, C. S., Sobel, J. D., Sommer, D. D., Spicer, P., Sutton, G. G., Sykes, S. M., Tabbaa, D. G., Thiagarajan, M., Tomlinson, C. M., Torralba, M., Treangen, T. J., Truty, R. M., Vishnivetskaya, T. A., Walker, J., Wang, L., Wang, Z., Ward, D. V., Warren, W., Watson, M. A., Wellington, C., Wetterstrand, K. A., White, J. R., Wilczek-Boney, K., Qing Wu, Y., Wylie, K. M., Wylie, T., Yandava, C., Ye, L., Ye, Y., Yooseph, S., Youmans, B. P., Zhang, L., Zhou, Y., Zhu, Y., Zoloth, L., Zucker, J. D., Birren, B. W., Gibbs, R. A., Highlander, S. K., Weinstock, G. M., Wilson, R. K. & White, O., Jun 14 2012, In: Nature. 486, 7402, p. 215-221 7 p.

      Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

      Open Access
      1759 Scopus citations

    • An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes

      Altshuler, D. M., Durbin, R. M., Abecasis, G. R., Bentley, D. R., Chakravarti, A., Clark, A. G., Donnelly, P., Eichler, E. E., Flicek, P., Gabriel, S. B., Gibbs, R. A., Green, E. D., Hurles, M. E., Knoppers, B. M., Korbel, J. O., Lander, E. S., Lee, C., Lehrach, H., Mardis, E. R., Marth, G. T., & 371 othersMcVean, G. A., Nickerson, D. A., Schmidt, J. P., Sherry, S. T., Wang, J., Wilson, R. K., Dinh, H., Kovar, C., Lee, S., Lewis, L., Muzny, D., Reid, J., Wang, M., Fang, X., Guo, X., Jian, M., Jiang, H., Jin, X., Li, G., Li, J., Li, Y., Li, Z., Liu, X., Lu, Y., Ma, X., Su, Z., Tai, S., Tang, M., Wang, B., Wang, G., Wu, H., Wu, R., Yin, Y., Zhang, W., Zhao, J., Zhao, M., Zheng, X., Zhou, Y., Gupta, N., Clarke, L., Leinonen, R., Smith, R. E., Zheng-Bradley, X., Grocock, R., Humphray, S., James, T., Kingsbury, Z., Sudbrak, R., Albrecht, M. W., Amstislavskiy, V. S., Borodina, T. A., Lienhard, M., Mertes, F., Sultan, M., Timmermann, B., Yaspo, M. L., Fulton, L., Fulton, R., Weinstock, G. M., Balasubramaniam, S., Burton, J., Danecek, P., Keane, T. M., Kolb-Kokocinski, A., McCarthy, S., Stalker, J., Quail, M., Davies, C. J., Gollub, J., Webster, T., Wong, B., Zhan, Y., Auton, A., Yu, F., Bainbridge, M., Challis, D., Evani, U. S., Lu, J., Nagaswamy, U., Sabo, A., Wang, Y., Yu, J., Coin, L. J. M., Fang, L., Li, Q., Li, Z., Lin, H., Liu, B., Luo, R., Qin, N., Shao, H., Wang, B., Xie, Y., Ye, C., Yu, C., Zhang, F., Zheng, H., Zhu, H., Garrison, E. P., Kural, D., Lee, W. P., Fung Leong, W., Ward, A. N., Wu, J., Zhang, M., Griffin, L., Hsieh, C. H., Mills, R. E., Shi, X., Von Grotthuss, M., Zhang, C., Daly, M. J., Depristo, M. A., Banks, E., Bhatia, G., Carneiro, M. O., Del Angel, G., Genovese, G., Handsaker, R. E., Hartl, C., McCarroll, S. A., Nemesh, J. C., Poplin, R. E., Schaffner, S. F., Shakir, K., Yoon, S. C., Lihm, J., Makarov, V., Jin, H., Kim, W., Cheol Kim, K., Rausch, T., Beal, K., Cunningham, F., Herrero, J., McLaren, W. M., Ritchie, G. R. S., Gottipati, S., Keinan, A., Rodriguez-Flores, J. L., Sabeti, P. C., Grossman, S. R., Tabrizi, S., Tariyal, R., Cooper, D. N., Ball, E. V., Stenson, P. D., Barnes, B., Bauer, M., Keira Cheetham, R., Cox, T., Eberle, M., Kahn, S., Murray, L., Peden, J., Shaw, R., Ye, K., Batzer, M. A., Konkel, M. K., Walker, J. A., MacArthur, D. G., Lek, M., Herwig, R., Shriver, M. D., Bustamante, C. D., Byrnes, J. K., De La Vega, F. M., Gravel, S., Kenny, E. E., Kidd, J. M., Maples, B. K., Moreno-Estrada, A., Zakharia, F., Halperin, E., Baran, Y., Craig, D. W., Christoforides, A., Homer, N., Izatt, T., Kurdoglu, A. A., Sinari, S. A., Squire, K., Xiao, C., Sebat, J., Bafna, V., Ye, K., Burchard, E. G., Hernandez, R. D., Gignoux, C. R., Haussler, D., Katzman, S. J., James Kent, W., Howie, B., Ruiz-Linares, A., Dermitzakis, E. T., Lappalainen, T., Devine, S. E., Liu, X., Maroo, A., Tallon, L. J., Rosenfeld, J. A., Michelson, L. P., Min Kang, H., Anderson, P., Angius, A., Bigham, A., Blackwell, T., Busonero, F., Cucca, F., Fuchsberger, C., Jones, C., Jun, G., Li, Y., Lyons, R., Maschio, A., Porcu, E., Reinier, F., Sanna, S., Schlessinger, D., Sidore, C., Tan, A., Kate Trost, M., Awadalla, P., Hodgkinson, A., Lunter, G., Marchini, J. L., Myers, S., Churchhouse, C., Delaneau, O., Gupta-Hinch, A., Iqbal, Z., Mathieson, I., Rimmer, A., Xifara, D. K., Oleksyk, T. K., Fu, Y., Liu, X., Xiong, M., Jorde, L., Witherspoon, D., Xing, J., Browning, B. L., Alkan, C., Hajirasouliha, I., Hormozdiari, F., Ko, A., Sudmant, P. H., Chen, K., Chinwalla, A., Ding, L., Dooling, D., Koboldt, D. C., McLellan, M. D., Wallis, J. W., Wendl, M. C., Zhang, Q., Tyler-Smith, C., Albers, C. A., Ayub, Q., Chen, Y., Coffey, A. J., Colonna, V., Huang, N., Jostins, L., Li, H., Scally, A., Walter, K., Xue, Y., Zhang, Y., Gerstein, M. B., Abyzov, A., Balasubramanian, S., Chen, J., Clarke, D., Fu, Y., Habegger, L., Harmanci, A. O., Jin, M., Khurana, E., Jasmine Mu, X., Sisu, C., Degenhardt, J., Stütz, A. M., Keira Cheetham, R., Church, D., Michaelson, J. J., Blackburne, B., Lindsay, S. J., Ning, Z., Frankish, A., Harrow, J., Mu, X. J., Fowler, G., Hale, W., Kalra, D., Barker, J., Kelman, G., Kulesha, E., Radhakrishnan, R., Roa, A., Smirnov, D., Streeter, I., Toneva, I., Vaughan, B., Ananiev, V., Belaia, Z., Beloslyudtsev, D., Bouk, N., Chen, C., Cohen, R., Cook, C., Garner, J., Hefferon, T., Kimelman, M., Liu, C., Lopez, J., Meric, P., O'Sullivan, C., Ostapchuk, Y., Phan, L., Ponomarov, S., Schneider, V., Shekhtman, E., Sirotkin, K., Slotta, D., Zhang, H., Barnes, K. C., Beiswanger, C., Cai, H., Cao, H., Gharani, N., Henn, B., Jones, D., Kaye, J. S., Kent, A., Kerasidou, A., Mathias, R., Ossorio, P. N., Parker, M., Reich, D., Rotimi, C. N., Royal, C. D., Sandoval, K., Su, Y., Tian, Z., Tishkoff, S., Toji, L. H., Via, M., Wang, Y., Yang, H., Yang, L., Zhu, J., Bodmer, W., Bedoya, G., Ming, C. Z., Yang, G., Jia You, C., Peltonen, L., Garcia-Montero, A., Orfao, A., Dutil, J., Martinez-Cruzado, J. C., Brooks, L. D., Felsenfeld, A. L., McEwen, J. E., Clemm, N. C., Duncanson, A., Dunn, M., Guyer, M. S., Peterson, J. L. & Lacroute, P., Nov 1 2012, In: Nature. 491, 7422, p. 56-65 10 p.

      Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

      Open Access
      5683 Scopus citations

    • A novel retinoblastoma therapy from genomic and epigenetic analyses

      Zhang, J., Benavente, C. A., McEvoy, J., Flores-Otero, J., Ding, L., Chen, X., Ulyanov, A., Wu, G., Wilson, M., Wang, J., Brennan, R., Rusch, M., Manning, A. L., Ma, J., Easton, J., Shurtleff, S., Mullighan, C., Pounds, S., Mukatira, S., Gupta, P., & 16 othersNeale, G., Zhao, D., Lu, C., Fulton, R. S., Fulton, L. L., Hong, X., Dooling, D. J., Ochoa, K., Naeve, C., Dyson, N. J., Mardis, E. R., Bahrami, A., Ellison, D., Wilson, R. K., Downing, J. R. & Dyer, M. A., Jan 19 2012, In: Nature. 481, 7381, p. 329-334 6 p.

      Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

      Open Access
      379 Scopus citations

    • Association of age at diagnosis and genetic mutations in patients with neuroblastoma

      Cheung, N. K. V., Zhang, J., Lu, C., Parker, M., Bahrami, A., Tickoo, S. K., Heguy, A., Pappo, A. S., Federico, S., Dalton, J., Cheung, I. Y., Ding, L., Fulton, R., Wang, J., Chen, X., Becksfort, J., Wu, J., Billups, C. A., Ellison, D., Mardis, E. R., & 3 othersWilson, R. K., Downing, J. R. & Dyer, M. A., Mar 14 2012, In: JAMA. 307, 10, p. 1062-1071 10 p.

      Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

      Open Access
      303 Scopus citations

    • Clonal Architecture of Secondary Acute Myeloid Leukemia

      Walter, M. J., Shen, D., Ding, L., Shao, J., Koboldt, D. C., Chen, K., Larson, D. E., McLellan, M. D., Dooling, D., Abbott, R., Fulton, R., Magrini, V., Schmidt, H., Kalicki-Veizer, J., O'Laughlin, M., Fan, X., Grillot, M., Witowski, S., Heath, S., Frater, J. L., & 9 othersEades, W., Tomasson, M., Westervelt, P., Dipersio, J. F., Link, D. C., Mardis, E. R., Ley, T. J., Wilson, R. K. & Graubert, T. A., Mar 22 2012, In: New England Journal of Medicine. 366, 12, p. 1090-1098 9 p.

      Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

      Open Access
      613 Scopus citations

    • Clonal evolution in relapsed acute myeloid leukaemia revealed by whole-genome sequencing

      Ding, L., Ley, T. J., Larson, D. E., Miller, C. A., Koboldt, D. C., Welch, J. S., Ritchey, J. K., Young, M. A., Lamprecht, T., McLellan, M. D., McMichael, J. F., Wallis, J. W., Lu, C., Shen, D., Harris, C. C., Dooling, D. J., Fulton, R. S., Fulton, L. L., Chen, K., Schmidt, H., & 19 othersKalicki-Veizer, J., Magrini, V. J., Cook, L., McGrath, S. D., Vickery, T. L., Wendl, M. C., Heath, S., Watson, M. A., Link, D. C., Tomasson, M. H., Shannon, W. D., Payton, J. E., Kulkarni, S., Westervelt, P., Walter, M. J., Graubert, T. A., Mardis, E. R., Wilson, R. K. & Dipersio, J. F., Jan 26 2012, In: Nature. 481, 7382, p. 506-510 5 p.

      Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

      Open Access
      1545 Scopus citations

    • Comprehensive molecular characterization of human colon and rectal cancer

      Muzny, D. M., Bainbridge, M. N., Chang, K., Dinh, H. H., Drummond, J. A., Fowler, G., Kovar, C. L., Lewis, L. R., Morgan, M. B., Newsham, I. F., Reid, J. G., Santibanez, J., Shinbrot, E., Trevino, L. R., Wu, Y. Q., Wang, M., Gunaratne, P., Donehower, L. A., Creighton, C. J., Wheeler, D. A., & 293 othersGibbs, R. A., Lawrence, M. S., Voet, D., Jing, R., Cibulskis, K., Sivachenko, A., Stojanov, P., McKenna, A., Lander, E. S., Gabriel, S., Ding, L., Fulton, R. S., Koboldt, D. C., Wylie, T., Walker, J., Dooling, D. J., Fulton, L., Delehaunty, K. D., Fronick, C. C., Demeter, R., Mardis, E. R., Wilson, R. K., Chu, A., Chun, H. J. E., Mungall, A. J., Pleasance, E., Gordon Robertson, A., Stoll, D., Balasundaram, M., Birol, I., Butterfield, Y. S. N., Chuah, E., Coope, R. J. N., Dhalla, N., Guin, R., Hirst, C., Hirst, M., Holt, R. A., Lee, D., Li, H. I., Mayo, M., Moore, R. A., Schein, J. E., Slobodan, J. R., Tam, A., Thiessen, N., Varhol, R., Zeng, T., Zhao, Y., Jones, S. J. M., Marra, M. A., Bass, A. J., Ramos, A. H., Saksena, G., Cherniack, A. D., Schumacher, S. E., Tabak, B., Carter, S. L., Pho, N. H., Nguyen, H., Onofrio, R. C., Crenshaw, A., Ardlie, K., Beroukhim, R., Winckler, W., Meyerson, M., Protopopov, A., Hadjipanayis, A., Lee, E., Xi, R., Yang, L., Ren, X., Sathiamoorthy, N., Chen, P. C., Haseley, P., Xiao, Y., Lee, S., Seidman, J., Chin, L., Park, P. J., Kucherlapati, R., Todd Auman, J., Hoadley, K. A., Du, Y., Wilkerson, M. D., Shi, Y., Liquori, C., Meng, S., Li, L., Turman, Y. J., Topal, M. D., Tan, D., Waring, S., Buda, E., Walsh, J., Jones, C. D., Mieczkowski, P. A., Singh, D., Wu, J., Gulabani, A., Dolina, P., Bodenheimer, T., Hoyle, A. P., Simons, J. V., Soloway, M., Mose, L. E., Jefferys, S. R., Balu, S., O'Connor, B. D., Prins, J. F., Chiang, D. Y., Neil Hayes, D., Perou, C. M., Hinoue, T., Weisenberger, D. J., Maglinte, D. T., Pan, F., Berman, B. P., Van Den Berg, D. J., Shen, H., Triche, T., Baylin, S. B., Laird, P. W., Getz, G., Noble, M., Voat, D., Gehlenborg, N., Dicara, D., Zhang, J., Zhang, H., Wu, C. J., Liu, S. Y., Shukla, S., Zhou, L., Lin, P., Park, R. W., Nazaire, M. D., Robinson, J., Thorvaldsdottir, H., Mesirov, J., Thorsson, V., Reynolds, S. M., Bernard, B., Kreisberg, R., Lin, J., Iype, L., Bressler, R., Erkkilä, T., Gundapuneni, M., Liu, Y., Norberg, A., Robinson, T., Yang, D., Zhang, W., Shmulevich, I., De Ronde, J. J., Schultz, N., Cerami, E., Ciriello, G., Goldberg, A. P., Gross, B., Jacobsen, A., Gao, J., Kaczkowski, B., Sinha, R., Arman Aksoy, B., Antipin, Y., Reva, B., Shen, R., Taylor, B. S., Ladanyi, M., Sander, C., Akbani, R., Zhang, N., Broom, B. M., Casasent, T., Unruh, A., Wakefield, C., Hamilton, S. R., Craig Cason, R., Baggerly, K. A., Weinstein, J. N., Haussler, D., Benz, C. C., Stuart, J. M., Benz, S. C., Zachary Sanborn, J., Vaske, C. J., Zhu, J., Szeto, C., Scott, G. K., Yau, C., Ng, S., Goldstein, T., Ellrott, K., Collisson, E., Cozen, A. E., Zerbino, D., Wilks, C., Craft, B., Spellman, P., Penny, R., Shelton, T., Hatfield, M., Morris, S., Yena, P., Shelton, C., Sherman, M., Paulauskis, J., Gastier-Foster, J. M., Bowen, J., Ramirez, N. C., Black, A., Pyatt, R., Wise, L., White, P., Bertagnolli, M., Brown, J., Chan, T. A., Chu, G. C., Czerwinski, C., Denstman, F., Dhir, R., Dörner, A., Fuchs, C. S., Guillem, J. G., Iacocca, M., Juhl, H., Kaufman, A., Iii, B. K., Van Le, X., Mariano, M. C., Medina, E. N., Meyers, M., Nash, G. M., Paty, P. B., Petrelli, N., Rabeno, B., Richards, W. G., Solit, D., Swanson, P., Temple, L., Tepper, J. E., Thorp, R., Vakiani, E., Weiser, M. R., Willis, J. E., Witkin, G., Zeng, Z., Zinner, M. J., Zornig, C., Jensen, M. A., Sfeir, R., Kahn, A. B., Chu, A. L., Kothiyal, P., Wang, Z., Snyder, E. E., Pontius, J., Pihl, T. D., Ayala, B., Backus, M., Walton, J., Whitmore, J., Baboud, J., Berton, D. L., Nicholls, M. C., Srinivasan, D., Raman, R., Girshik, S., Kigonya, P. A., Alonso, S., Sanbhadti, R. N., Barletta, S. P., Greene, J. M., Pot, D. A., Shaw, K. R. M., Dillon, L. A. L., Buetow, K., Davidsen, T., Demchok, J. A., Eley, G., Ferguson, M., Fielding, P., Schaefer, C., Sheth, M., Yang, L., Guyer, M. S., Ozenberger, B. A., Palchik, J. D., Peterson, J., Sofia, H. J. & Thomson., E., Jul 19 2012, In: Nature. 487, 7407, p. 330-337 8 p.

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    • Comprehensive molecular portraits of human breast tumours

      Koboldt, D. C., Fulton, R. S., McLellan, M. D., Schmidt, H., Kalicki-Veizer, J., McMichael, J. F., Fulton, L. L., Dooling, D. J., Ding, L., Mardis, E. R., Wilson, R. K., Ally, A., Balasundaram, M., Butterfield, Y. S. N., Carlsen, R., Carter, C., Chu, A., Chuah, E., Chun, H. J. E., Coope, R. J. N., & 323 othersDhalla, N., Guin, R., Hirst, C., Hirst, M., Holt, R. A., Lee, D., Li, H. I., Mayo, M., Moore, R. A., Mungall, A. J., Pleasance, E., Robertson, A. G., Schein, J. E., Shafiei, A., Sipahimalani, P., Slobodan, J. R., Stoll, D., Tam, A., Thiessen, N., Varhol, R. J., Wye, N., Zeng, T., Zhao, Y., Birol, I., Jones, S. J. M., Marra, M. A., Cherniack, A. D., Saksena, G., Onofrio, R. C., Pho, N. H., Carter, S. L., Schumacher, S. E., Tabak, B., Hernandez, B., Gentry, J., Nguyen, H., Crenshaw, A., Ardlie, K., Beroukhim, R., Winckler, W., Getz, G., Gabriel, S. B., Meyerson, M., Chin, L., Kucherlapati, R., Hoadley, K. A., Auman, J. T., Fan, C., Turman, Y. J., Shi, Y., Li, L., Topal, M. D., He, X., Chao, H. H., Prat, A., Silva, G. O., Iglesia, M. D., Zhao, W., Usary, J., Berg, J. S., Adams, M., Booker, J., Wu, J., Gulabani, A., Bodenheimer, T., Hoyle, A. P., Simons, J. V., Soloway, M. G., Mose, L. E., Jefferys, S. R., Balu, S., Parker, J. S., Hayes, D. N., Perou, C. M., Malik, S., Mahurkar, S., Shen, H., Weisenberger, D. J., Triche, T., Lai, P. H., Bootwalla, M. S., Maglinte, D. T., Berman, B. P., Van Den Berg, D. J., Baylin, S. B., Laird, P. W., Creighton, C. J., Donehower, L. A., Noble, M., Voet, D., Gehlenborg, N., Di Cara, D., Zhang, J., Zhang, H., Wu, C. J., Yingchun Liu, S., Lawrence, M. S., Zou, L., Sivachenko, A., Lin, P., Stojanov, P., Jing, R., Cho, J., Sinha, R., Park, R. W., Nazaire, M. D., Robinson, J., Thorvaldsdottir, H., Mesirov, J., Park, P. J., Reynolds, S., Kreisberg, R. B., Bernard, B., Bressler, R., Erkkila, T., Lin, J., Thorsson, V., Zhang, W., Shmulevich, I., Ciriello, G., Weinhold, N., Schultz, N., Gao, J., Cerami, E., Gross, B., Jacobsen, A., Sinha, R., Aksoy, B. A., Antipin, Y., Reva, B., Shen, R., Taylor, B. S., Ladanyi, M., Sander, C., Anur, P., Spellman, P. T., Lu, Y., Liu, W., Verhaak, R. R. G., Mills, G. B., Akbani, R., Zhang, N., Broom, B. M., Casasent, T. D., Wakefield, C., Unruh, A. K., Baggerly, K., Coombes, K., Weinstein, J. N., Haussler, D., Benz, C. C., Stuart, J. M., Benz, S. C., Zhu, J., Szeto, C. C., Scott, G. K., Yau, C., Paull, E. O., Carlin, D., Wong, C., Sokolov, A., Thusberg, J., Mooney, S., Ng, S., Goldstein, T. C., Ellrott, K., Grifford, M., Wilks, C., Ma, S., Craft, B., Yan, C., Hu, Y., Meerzaman, D., Gastier-Foster, J. M., Bowen, J., Ramirez, N. C., Black, A. D., Pyatt, R. E., White, P., Zmuda, E. J., Frick, J., Lichtenberg, T. M., Brookens, R., George, M. M., Gerken, M. A., Harper, H. A., Leraas, K. M., Wise, L. J., Tabler, T. R., McAllister, C., Barr, T., Hart-Kothari, M., Tarvin, K., Saller, C., Sandusky, G., Mitchell, C., Iacocca, M. V., Brown, J., Rabeno, B., Czerwinski, C., Petrelli, N., Dolzhansky, O., Abramov, M., Voronina, O., Potapova, O., Marks, J. R., Suchorska, W. M., Murawa, D., Kycler, W., Ibbs, M., Korski, K., Spychała, A., Murawa, P., Brzeziński, J. J., Perz, H., Łaźniak, R., Teresiak, M., Tatka, H., Leporowska, E., Bogusz-Czerniewicz, M., Malicki, J., Mackiewicz, A., Wiznerowicz, M., Van Le, X., Kohl, B., Viet Tien, N., Thorp, R., Van Bang, N., Sussman, H., Phu, B. D., Hajek, R., Hung, N. P., Phuong, T. V. T., Thang, H. Q., Khan, K. Z., Penny, R., Mallery, D., Curley, E., Shelton, C., Yena, P., Ingle, J. N., Couch, F. J., Lingle, W. L., King, T. A., Gonzalez-Angulo, A. M., Dyer, M. D., Liu, S., Meng, X., Patangan, M., Waldman, F., Stöppler, H., Rathmell, W. K., Thorne, L., Huang, M., Boice, L., Hill, A., Morrison, C., Gaudioso, C., Bshara, W., Daily, K., Egea, S. C., Pegram, M. D., Gomez-Fernandez, C., Dhir, R., Bhargava, R., Brufsky, A., Shriver, C. D., Hooke, J. A., Campbell, J. L., Mural, R. J., Hu, H., Somiari, S., Larson, C., Deyarmin, B., Kvecher, L., Kovatich, A. J., Ellis, M. J., Stricker, T., White, K., Olopade, O., Luo, C., Chen, Y., Bose, R., Chang, L. W., Beck, A. H., Pihl, T., Jensen, M., Sfeir, R., Kahn, A., Chu, A., Kothiyal, P., Wang, Z., Snyder, E., Pontius, J., Ayala, B., Backus, M., Walton, J., Baboud, J., Berton, D., Nicholls, M., Srinivasan, D., Raman, R., Girshik, S., Kigonya, P., Alonso, S., Sanbhadti, R., Barletta, S., Pot, D., Sheth, M., Demchok, J. A., Shaw, K. R. M., Yang, L., Eley, G., Ferguson, M. L., Tarnuzzer, R. W., Zhang, J., Dillon, L. A. L., Buetow, K., Fielding, P., Ozenberger, B. A., Guyer, M. S., Sofia, H. J. & Palchik, J. D., Oct 4 2012, In: Nature. 490, 7418, p. 61-70 10 p.

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      8339 Scopus citations

    • De Novo Gene Disruptions in Children on the Autistic Spectrum

      Iossifov, I., Ronemus, M., Levy, D., Wang, Z., Hakker, I., Rosenbaum, J., Yamrom, B., Lee, Y. H., Narzisi, G., Leotta, A., Kendall, J., Grabowska, E., Ma, B., Marks, S., Rodgers, L., Stepansky, A., Troge, J., Andrews, P., Bekritsky, M., Pradhan, K., & 15 othersGhiban, E., Kramer, M., Parla, J., Demeter, R., Fulton, L. L., Fulton, R. S., Magrini, V. J., Ye, K., Darnell, J. C., Darnell, R. B., Mardis, E. R., Wilson, R. K., Schatz, M. C., McCombie, R. W. & Wigler, M., Apr 26 2012, In: Neuron. 74, 2, p. 285-299 15 p.

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    • Evaluation of 16s rDNA-based community profiling for human microbiome research

      Ward, D. V., Gevers, D., Giannoukos, G., Earl, A. M., Methé, B. A., Sodergren, E., Feldgarden, M., Ciulla, D. M., Tabbaa, D., Arze, C., Appelbaum, E., Aird, L., Anderson, S., Ayvaz, T., Belter, E., Bihan, M., Bloom, T., Crabtree, J., Courtney, L., Carmichael, L., & 47 othersDooling, D., Erlich, R. L., Farmer, C., Fulton, L., Fulton, R., Gao, H., Gill, J. A., Haas, B. J., Hemphill, L., Hall, O., Hamilton, S. G., Hepburn, T. A., Lennon, N. J., Joshi, V., Kells, C., Kovar, C. L., Kalra, D., Li, K., Lewis, L., Leonard, S., Muzny, D. M., Mardis, E., Mihindukulasuriya, K., Magrini, V., O'Laughlin, M., Pohl, C., Qin, X., Ross, K., Ross, M. C., Rogers, Y. H. A., Singh, N., Shang, Y., Wilczek-Boney, K., Wortman, J. R., Worley, K. C., Youmans, B. P., Yooseph, S., Zhou, Y., Schloss, P. D., Wilson, R., Gibbs, R. A., Nelson, K. E., Weinstock, G., DeSantis, T. Z., Petrosino, J. F., Highlander, S. K. & Birren, B. W., Jun 13 2012, In: PloS one. 7, 6, e39315.

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    • Genomic landscape of non-small cell lung cancer in smokers and never-smokers

      Govindan, R., Ding, L., Griffith, M., Subramanian, J., Dees, N. D., Kanchi, K. L., Maher, C. A., Fulton, R., Fulton, L., Wallis, J., Chen, K., Walker, J., McDonald, S., Bose, R., Ornitz, D., Xiong, D., You, M., Dooling, D. J., Watson, M., Mardis, E. R., & 1 othersWilson, R. K., Sep 14 2012, In: Cell. 150, 6, p. 1121-1134 14 p.

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    • Novel mutations target distinct subgroups of medulloblastoma

      Robinson, G., Parker, M., Kranenburg, T. A., Lu, C., Chen, X., Ding, L., Phoenix, T. N., Hedlund, E., Wei, L., Zhu, X., Chalhoub, N., Baker, S. J., Huether, R., Kriwacki, R., Curley, N., Thiruvenkatam, R., Wang, J., Wu, G., Rusch, M., Hong, X., & 30 othersBecksfort, J., Gupta, P., Ma, J., Easton, J., Vadodaria, B., Onar-Thomas, A., Lin, T., Li, S., Pounds, S., Paugh, S., Zhao, D., Kawauchi, D., Roussel, M. F., Finkelstein, D., Ellison, D. W., Lau, C. C., Bouffet, E., Hassall, T., Gururangan, S., Cohn, R., Fulton, R. S., Fulton, L. L., Dooling, D. J., Ochoa, K., Gajjar, A., Mardis, E. R., Wilson, R. K., Downing, J. R., Zhang, J. & Gilbertson, R. J., Aug 2 2012, In: Nature. 488, 7409, p. 43-48 6 p.

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    • Recurrent mutations in the U2AF1 splicing factor in myelodysplastic syndromes

      Graubert, T. A., Shen, D., Ding, L., Okeyo-Owuor, T., Lunn, C. L., Shao, J., Krysiak, K., Harris, C. C., Koboldt, D. C., Larson, D. E., McLellan, M. D., Dooling, D. J., Abbott, R. M., Fulton, R. S., Schmidt, H., Kalicki-Veizer, J., O'Laughlin, M., Grillot, M., Baty, J., Heath, S., & 10 othersFrater, J. L., Nasim, T., Link, D. C., Tomasson, M. H., Westervelt, P., Dipersio, J. F., Mardis, E. R., Ley, T. J., Wilson, R. K. & Walter, M. J., Jan 2012, In: Nature Genetics. 44, 1, p. 53-57 5 p.

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    • Strict evolutionary conservation followed rapid gene loss on human and rhesus y chromosomes

      Hughes, J. F., Skaletsky, H., Brown, L. G., Pyntikova, T., Graves, T., Fulton, R. S., Dugan, S., Ding, Y., Buhay, C. J., Kremitzki, C., Wang, Q., Shen, H., Holder, M., Villasana, D., Nazareth, L. V., Cree, A., Courtney, L., Veizer, J., Kotkiewicz, H., Cho, T. J., & 7 othersKoutseva, N., Rozen, S., Muzny, D. M., Warren, W. C., Gibbs, R. A., Wilson, R. K. & Page, D. C., Mar 1 2012, In: Nature. 483, 7387, p. 82-87 6 p.

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    • Structure, function and diversity of the healthy human microbiome

      Huttenhower, C., Gevers, D., Knight, R., Abubucker, S., Badger, J. H., Chinwalla, A. T., Creasy, H. H., Earl, A. M., Fitzgerald, M. G., Fulton, R. S., Giglio, M. G., Hallsworth-Pepin, K., Lobos, E. A., Madupu, R., Magrini, V., Martin, J. C., Mitreva, M., Muzny, D. M., Sodergren, E. J., Versalovic, J., & 228 othersWollam, A. M., Worley, K. C., Wortman, J. R., Young, S. K., Zeng, Q., Aagaard, K. M., Abolude, O. O., Allen-Vercoe, E., Alm, E. J., Alvarado, L., Andersen, G. L., Anderson, S., Appelbaum, E., Arachchi, H. M., Armitage, G., Arze, C. A., Ayvaz, T., Baker, C. C., Begg, L., Belachew, T., Bhonagiri, V., Bihan, M., Blaser, M. J., Bloom, T., Bonazzi, V., Paul Brooks, J., Buck, G. A., Buhay, C. J., Busam, D. A., Campbell, J. L., Canon, S. R., Cantarel, B. L., Chain, P. S. G., Chen, I. M. A., Chen, L., Chhibba, S., Chu, K., Ciulla, D. M., Clemente, J. C., Clifton, S. W., Conlan, S., Crabtree, J., Cutting, M. A., Davidovics, N. J., Davis, C. C., Desantis, T. Z., Deal, C., Delehaunty, K. D., Dewhirst, F. E., Deych, E., Ding, Y., Dooling, D. J., Dugan, S. P., Michael Dunne, W., Scott Durkin, A., Edgar, R. C., Erlich, R. L., Farmer, C. N., Farrell, R. M., Faust, K., Feldgarden, M., Felix, V. M., Fisher, S., Fodor, A. A., Forney, L. J., Foster, L., Di Francesco, V., Friedman, J., Friedrich, D. C., Fronick, C. C., Fulton, L. L., Gao, H., Garcia, N., Giannoukos, G., Giblin, C., Giovanni, M. Y., Goldberg, J. M., Goll, J., Gonzalez, A., Griggs, A., Gujja, S., Kinder Haake, S., Haas, B. J., Hamilton, H. A., Harris, E. L., Hepburn, T. A., Herter, B., Hoffmann, D. E., Holder, M. E., Howarth, C., Huang, K. H., Huse, S. M., Izard, J., Jansson, J. K., Jiang, H., Jordan, C., Joshi, V., Katancik, J. A., Keitel, W. A., Kelley, S. T., Kells, C., King, N. B., Knights, D., Kong, H. H., Koren, O., Koren, S., Kota, K. C., Kovar, C. L., Kyrpides, N. C., La Rosa, P. S., Lee, S. L., Lemon, K. P., Lennon, N., Lewis, C. M., Lewis, L., Ley, R. E., Li, K., Liolios, K., Liu, B., Liu, Y., Lo, C. C., Lozupone, C. A., Dwayne Lunsford, R., Madden, T., Mahurkar, A. A., Mannon, P. J., Mardis, E. R., Markowitz, V. M., Mavromatis, K., McCorrison, J. M., McDonald, D., McEwen, J., McGuire, A. L., McInnes, P., Mehta, T., Mihindukulasuriya, K. A., Miller, J. R., Minx, P. J., Newsham, I., Nusbaum, C., Oglaughlin, M., Orvis, J., Pagani, I., Palaniappan, K., Patel, S. M., Pearson, M., Peterson, J., Podar, M., Pohl, C., Pollard, K. S., Pop, M., Priest, M. E., Proctor, L. M., Qin, X., Raes, J., Ravel, J., Reid, J. G., Rho, M., Rhodes, R., Riehle, K. P., Rivera, M. C., Rodriguez-Mueller, B., Rogers, Y. H., Ross, M. C., Russ, C., Sanka, R. K., Sankar, P., Fah Sathirapongsasuti, J., Schloss, J. A., Schloss, P. D., Schmidt, T. M., Scholz, M., Schriml, L., Schubert, A. M., Segata, N., Segre, J. A., Shannon, W. D., Sharp, R. R., Sharpton, T. J., Shenoy, N., Sheth, N. U., Simone, G. A., Singh, I., Smillie, C. S., Sobel, J. D., Sommer, D. D., Spicer, P., Sutton, G. G., Sykes, S. M., Tabbaa, D. G., Thiagarajan, M., Tomlinson, C. M., Torralba, M., Treangen, T. J., Truty, R. M., Vishnivetskaya, T. A., Walker, J., Wang, L., Wang, Z., Ward, D. V., Warren, W., Watson, M. A., Wellington, C., Wetterstrand, K. A., White, J. R., Wilczek-Boney, K., Wu, Y., Wylie, K. M., Wylie, T., Yandava, C., Ye, L., Ye, Y., Yooseph, S., Youmans, B. P., Zhang, L., Zhou, Y., Zhu, Y., Zoloth, L., Zucker, J. D., Birren, B. W., Gibbs, R. A., Highlander, S. K., Methé, B. A., Nelson, K. E., Petrosino, J. F., Weinstock, G. M., Wilson, R. K. & White, O., Jun 14 2012, In: Nature. 486, 7402, p. 207-214 8 p.

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    • The genetic basis of early T-cell precursor acute lymphoblastic leukaemia

      Zhang, J., Ding, L., Holmfeldt, L., Wu, G., Heatley, S. L., Payne-Turner, D., Easton, J., Chen, X., Wang, J., Rusch, M., Lu, C., Chen, S. C., Wei, L., Collins-Underwood, J. R., Ma, J., Roberts, K. G., Pounds, S. B., Ulyanov, A., Becksfort, J., Gupta, P., & 49 othersHuether, R., Kriwacki, R. W., Parker, M., McGoldrick, D. J., Zhao, D., Alford, D., Espy, S., Bobba, K. C., Song, G., Pei, D., Cheng, C., Roberts, S., Barbato, M. I., Campana, D., Coustan-Smith, E., Shurtleff, S. A., Raimondi, S. C., Kleppe, M., Cools, J., Shimano, K. A., Hermiston, M. L., Doulatov, S., Eppert, K., Laurenti, E., Notta, F., Dick, J. E., Basso, G., Hunger, S. P., Loh, M. L., Devidas, M., Wood, B., Winter, S., Dunsmore, K. P., Fulton, R. S., Fulton, L. L., Hong, X., Harris, C. C., Dooling, D. J., Ochoa, K., Johnson, K. J., Obenauer, J. C., Evans, W. E., Pui, C. H., Naeve, C. W., Ley, T. J., Mardis, E. R., Wilson, R. K., Downing, J. R. & Mullighan, C. G., Jan 12 2012, In: Nature. 481, 7380, p. 157-163 7 p.

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    • The origin and evolution of mutations in acute myeloid leukemia

      Welch, J. S., Ley, T. J., Link, D. C., Miller, C. A., Larson, D. E., Koboldt, D. C., Wartman, L. D., Lamprecht, T. L., Liu, F., Xia, J., Kandoth, C., Fulton, R. S., McLellan, M. D., Dooling, D. J., Wallis, J. W., Chen, K., Harris, C. C., Schmidt, H. K., Kalicki-Veizer, J. M., Lu, C., & 34 othersZhang, Q., Lin, L., O'Laughlin, M. D., McMichael, J. F., Delehaunty, K. D., Fulton, L. A., Magrini, V. J., McGrath, S. D., Demeter, R. T., Vickery, T. L., Hundal, J., Cook, L. L., Swift, G. W., Reed, J. P., Alldredge, P. A., Wylie, T. N., Walker, J. R., Watson, M. A., Heath, S. E., Shannon, W. D., Varghese, N., Nagarajan, R., Payton, J. E., Baty, J. D., Kulkarni, S., Klco, J. M., Tomasson, M. H., Westervelt, P., Walter, M. J., Graubert, T. A., Dipersio, J. F., Ding, L., Mardis, E. R. & Wilson, R. K., Jul 20 2012, In: Cell. 150, 2, p. 264-278 15 p.

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    • Whole-genome analysis informs breast cancer response to aromatase inhibition

      Ellis, M. J., Ding, L., Shen, D., Luo, J., Suman, V. J., Wallis, J. W., Van Tine, B. A., Hoog, J., Goiffon, R. J., Goldstein, T. C., Ng, S., Lin, L., Crowder, R., Snider, J., Ballman, K., Weber, J., Chen, K., Koboldt, D. C., Kandoth, C., Schierding, W. S., & 39 othersMcMichael, J. F., Miller, C. A., Lu, C., Harris, C. C., McLellan, M. D., Wendl, M. C., Deschryver, K., Allred, D. C., Esserman, L., Unzeitig, G., Margenthaler, J., Babiera, G. V., Marcom, P. K., Guenther, J. M., Leitch, M., Hunt, K., Olson, J., Tao, Y., Maher, C. A., Fulton, L. L., Fulton, R. S., Harrison, M., Oberkfell, B., Du, F., Demeter, R., Vickery, T. L., Elhammali, A., Piwnica-Worms, H., McDonald, S., Watson, M., Dooling, D. J., Ota, D., Chang, L. W., Bose, R., Ley, T. J., Piwnica-Worms, D., Stuart, J. M., Wilson, R. K. & Mardis, E. R., Jun 21 2012, In: Nature. 486, 7403, p. 353-360 8 p.

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    • 2011

      A dominant mutation in RPE65 identified by whole-exome sequencing causes retinitis pigmentosa with choroidal involvement

      Bowne, S. J., Humphries, M. M., Sullivan, L. S., Kenna, P. F., Tam, L. C. S., Kiang, A. S., Campbell, M., Weinstock, G. M., Koboldt, D. C., Ding, L., Fulton, R. S., Sodergren, E. J., Allman, D., Millington-Ward, S., Palfi, A., McKee, A., Blanton, S. H., Slifer, S., Konidari, I., Farrar, G. J., & 2 othersDaiger, S. P. & Humphries, P., Oct 2011, In: European Journal of Human Genetics. 19, 10, p. 1074-1081 8 p.

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    • A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals

      Lindblad-Toh, K., Garber, M., Zuk, O., Lin, M. F., Parker, B. J., Washietl, S., Kheradpour, P., Ernst, J., Jordan, G., Mauceli, E., Ward, L. D., Lowe, C. B., Holloway, A. K., Clamp, M., Gnerre, S., Alföldi, J., Beal, K., Chang, J., Clawson, H., Cuff, J., & 66 othersDi Palma, F., Fitzgerald, S., Flicek, P., Guttman, M., Hubisz, M. J., Jaffe, D. B., Jungreis, I., Kent, W. J., Kostka, D., Lara, M., Martins, A. L., Massingham, T., Moltke, I., Raney, B. J., Rasmussen, M. D., Robinson, J., Stark, A., Vilella, A. J., Wen, J., Xie, X., Zody, M. C., Worley, K. C., Kovar, C. L., Muzny, D. M., Gibbs, R. A., Warren, W. C., Mardis, E. R., Weinstock, G. M., Wilson, R. K., Birney, E., Margulies, E. H., Herrero, J., Green, E. D., Haussler, D., Siepel, A., Goldman, N., Pollard, K. S., Pedersen, J. S., Lander, E. S., Kellis, M., Baldwin, J., Bloom, T., Chin, C. W., Heiman, D., Nicol, R., Nusbaum, C., Young, S., Wilkinson, J., Cree, A., Dihn, H. H., Fowler, G., Jhangiani, S., Joshi, V., Lee, S., Lewis, L. R., Nazareth, L. V., Okwuonu, G., Santibanez, J., Delehaunty, K., Dooling, D., Fronik, C., Fulton, L., Fulton, B., Graves, T., Minx, P. & Sodergren, E., Oct 27 2011, In: Nature. 478, 7370, p. 476-482 7 p.

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    • Comparative and demographic analysis of orang-utan genomes

      Locke, D. P., Hillier, L. W., Warren, W. C., Worley, K. C., Nazareth, L. V., Muzny, D. M., Yang, S. P., Wang, Z., Chinwalla, A. T., Minx, P., Mitreva, M., Cook, L., Delehaunty, K. D., Fronick, C., Schmidt, H., Fulton, L. A., Fulton, R. S., Nelson, J. O., Magrini, V., Pohl, C., & 81 othersGraves, T. A., Markovic, C., Cree, A., Dinh, H. H., Hume, J., Kovar, C. L., Fowler, G. R., Lunter, G., Meader, S., Heger, A., Ponting, C. P., Marques-Bonet, T., Alkan, C., Chen, L., Cheng, Z., Kidd, J. M., Eichler, E. E., White, S., Searle, S., Vilella, A. J., Chen, Y., Flicek, P., Ma, J., Raney, B., Suh, B., Burhans, R., Herrero, J., Haussler, D., Faria, R., Fernando, O., Darré, F., Farré, D., Gazave, E., Oliva, M., Navarro, A., Roberto, R., Capozzi, O., Archidiacono, N., Valle, G. D., Purgato, S., Rocchi, M., Konkel, M. K., Walker, J. A., Ullmer, B., Batzer, M. A., Smit, A. F. A., Hubley, R., Casola, C., Schrider, D. R., Hahn, M. W., Quesada, V., Puente, X. S., Ordõez, G. R., Ĺpez-Otín, C., Vinar, T., Brejova, B., Ratan, A., Harris, R. S., Miller, W., Kosiol, C., Lawson, H. A., Taliwal, V., Martins, A. L., Siepel, A., Roychoudhury, A., Ma, X., Degenhardt, J., Bustamante, C. D., Gutenkunst, R. N., Mailund, T., Dutheil, J. Y., Hobolth, A., Schierup, M. H., Ryder, O. A., Yoshinaga, Y., De Jong, P. J., Weinstock, G. M., Rogers, J., Mardis, E. R., Gibbs, R. A. & Wilson, R. K., Jan 27 2011, In: Nature. 469, 7331, p. 529-533 5 p.

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    • Identification of a novel TP53 cancer susceptibility mutation through whole-genome sequencing of a patient with therapy-related AML

      Link, D. C., Schuettpelz, L. G., Shen, D., Wang, J., Walter, M. J., Kulkarni, S., Payton, J. E., Ivanovich, J., Goodfellow, P. J., Le Beau, M., Koboldt, D. C., Dooling, D. J., Fulton, R. S., Bender, R. H. F., Fulton, L. L., Delehaunty, K. D., Fronick, C. C., Appelbaum, E. L., Schmidt, H., Abbott, R., & 12 othersO'Laughlin, M., Chen, K., McLellan, M. D., Varghese, N., Nagarajan, R., Heath, S., Graubert, T. A., Ding, L., Ley, T. J., Zambetti, G. P., Wilson, R. K. & Mardis, E. R., Apr 20 2011, In: JAMA. 305, 15, p. 1568-1576 9 p.

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    • Identification of disease-causing mutations in autosomal dominant retinitis pigmentosa (adRP) using next-generation DNA sequencing

      Bowne, S. J., Sullivan, L. S., Koboldt, D. C., Ding, L., Fulton, R., Abbott, R. M., Sodergren, E. J., Birch, D. G., Wheaton, D. H., Heckenlively, J. R., Liu, Q., Pierce, E. A., Weinstock, G. M. & Daiger, S. P., Jan 2011, In: Investigative Ophthalmology and Visual Science. 52, 1, p. 494-503 10 p.

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    • Integrated genomic analyses of ovarian carcinoma

      Bell, D., Berchuck, A., Birrer, M., Chien, J., Cramer, D. W., Dao, F., Dhir, R., Disaia, P., Gabra, H., Glenn, P., Godwin, A. K., Gross, J., Hartmann, L., Huang, M., Huntsman, D. G., Iacocca, M., Imielinski, M., Kalloger, S., Karlan, B. Y., Levine, D. A., & 240 othersMills, G. B., Morrison, C., Mutch, D., Olvera, N., Orsulic, S., Park, K., Petrelli, N., Rabeno, B., Rader, J. S., Sikic, B. I., Smith-Mccune, K., Sood, A. K., Bowtell, D., Penny, R., Testa, J. R., Chang, K., Dinh, H. H., Drummond, J. A., Fowler, G., Gunaratne, P., Hawes, A. C., Kovar, C. L., Lewis, L. R., Morgan, M. B., Newsham, I. F., Santibanez, J., Reid, J. G., Trevino, L. R., Wu, Y. Q., Wang, M., Muzny, D. M., Wheeler, D. A., Gibbs, R. A., Getz, G., Lawrence, M. S., Cibulskis, K., Sivachenko, A. Y., Sougnez, C., Voet, D., Wilkinson, J., Bloom, T., Ardlie, K., Fennell, T., Baldwin, J., Gabriel, S., Lander, E. S., Ding, L., Fulton, R. S., Koboldt, D. C., McLellan, M. D., Wylie, T., Walker, J., O'Laughlin, M., Dooling, D. J., Fulton, L., Abbott, R., Dees, N. D., Zhang, Q., Kandoth, C., Wendl, M., Schierding, W., Shen, D., Harris, C. C., Schmidt, H., Kalicki, J., Delehaunty, K. D., Fronick, C. C., Demeter, R., Cook, L., Wallis, J. W., Lin, L., Magrini, V. J., Hodges, J. S., Eldred, J. M., Smith, S. M., Pohl, C. S., Vandin, F., Raphael, B. J., Weinstock, G. M., Mardis, E. R., Wilson, R. K., Meyerson, M., Winckler, W., Verhaak, R. G. W., Carter, S. L., Mermel, C. H., Saksena, G., Nguyen, H., Onofrio, R. C., Hubbard, D., Gupta, S., Crenshaw, A., Ramos, A. H., Chin, L., Protopopov, A., Zhang, J., Kim, T. M., Perna, I., Xiao, Y., Zhang, H., Ren, G., Sathiamoorthy, N., Park, R. W., Lee, E., Park, P. J., Kucherlapati, R., Absher, D. M., Waite, L., Sherlock, G., Brooks, J. D., Li, J. Z., Xu, J., Myers, R. M., Laird, P. W., Cope, L., Herman, J. G., Shen, H., Weisenberger, D. J., Noushmehr, H., Pan, F., Triche, T., Berman, B. P., Van Den Berg, D. J., Buckley, J., Baylin, S. B., Spellman, P. T., Purdom, E., Neuvial, P., Bengtsson, H., Jakkula, L. R., Durinck, S., Han, J., Dorton, S., Marr, H., Choi, Y. G., Wang, V., Wang, N. J., Ngai, J., Conboy, J. G., Parvin, B., Feiler, H. S., Speed, T. P., Gray, J. W., Socci, N. D., Liang, Y., Taylor, B. S., Schultz, N., Borsu, L., Lash, A. E., Brennan, C., Viale, A., Sander, C., Ladanyi, M., Hoadley, K. A., Meng, S., Du, Y., Shi, Y., Li, L., Turman, Y. J., Zang, D., Helms, E. B., Balu, S., Zhou, X., Wu, J., Topal, M. D., Hayes, D. N., Perou, C. M., Wu, C. J., Shukla, S., Sivachenko, A., Jing, R., Liu, Y., Noble, M., Carter, H., Kim, D., Karchin, R., Korkola, J. E., Heiser, L. M., Cho, R. J., Hu, Z., Cerami, E., Olshen, A., Reva, B., Antipin, Y., Shen, R., Mankoo, P., Sheridan, R., Ciriello, G., Chang, W. K., Bernanke, J. A., Haussler, D., Benz, C. C., Stuart, J. M., Benz, S. C., Sanborn, J. Z., Vaske, C. J., Zhu, J., Szeto, C., Scott, G. K., Yau, C., Wilkerson, M. D., Zhang, N., Akbani, R., Baggerly, K. A., Yung, W. K., Weinstein, J. N., Shelton, T., Grimm, D., Hatfield, M., Morris, S., Yena, P., Rhodes, P., Sherman, M., Paulauskis, J., Millis, S., Kahn, A., Greene, J. M., Sfeir, R., Jensen, M. A., Chen, J., Whitmore, J., Alonso, S., Jordan, J., Chu, A., Barker, A., Compton, C., Eley, G., Ferguson, M., Fielding, P., Gerhard, D. S., Myles, R., Schaefer, C., Mills Shaw, K. R., Vaught, J., Vockley, J. B., Good, P. J., Guyer, M. S., Ozenberger, B., Peterson, J. & Thomson, E., Jun 30 2011, In: Nature. 474, 7353, p. 609-615 7 p.

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    • Mapping copy number variation by population-scale genome sequencing

      Mills, R. E., Walter, K., Stewart, C., Handsaker, R. E., Chen, K., Alkan, C., Abyzov, A., Yoon, S. C., Ye, K., Cheetham, R. K., Chinwalla, A., Conrad, D. F., Fu, Y., Grubert, F., Hajirasouliha, I., Hormozdiari, F., Iakoucheva, L. M., Iqbal, Z., Kang, S., Kidd, J. M., & 353 othersKonkel, M. K., Korn, J., Khurana, E., Kural, D., Lam, H. Y. K., Leng, J., Li, R., Li, Y., Lin, C. Y., Luo, R., Mu, X. J., Nemesh, J., Peckham, H. E., Rausch, T., Scally, A., Shi, X., Stromberg, M. P., Sütz, A. M., Urban, A. E., Walker, J. A., Wu, J., Zhang, Y., Zhang, Z. D., Batzer, M. A., Ding, L., Marth, G. T., McVean, G., Sebat, J., Snyder, M., Wang, J., Ye, K., Eichler, E. E., Gerstein, M. B., Hurles, M. E., Lee, C., McCarroll, S. A., Korbel, J. O., Collins, F. S., Altshuler, D. L., Durbin, R. M., Abecasis, G. R., Bentley, D. R., Chakravarti, A., Clark, A. G., De La Vega, F. M., Donnelly, P., Egholm, M., Flicek, P., Gabriel, S. B., Gibbs, R. A., Knoppers, B. M., Lander, E. S., Lehrach, H., Mardis, E. R., McVean, G. A., Nickerson, D. A., Peltonen, L., Schafer, A. J., Sherry, S. T., Wilson, R. K., Deiros, D., Metzker, M., Muzny, D., Reid, J., Wheeler, D., Li, J., Jian, M., Li, G., Liang, H., Tian, G., Wang, B., Wang, W., Yang, H., Zhang, X., Zheng, H., Ambrogio, L., Bloom, T., Cibulskis, K., Fennell, T. J., Jaffe, D. B., Shefler, E., Sougnez, C. L., Gormley, N., Humphray, S., Kingsbury, Z., Koko-Gonzales, P., Stone, J., McKernan, K. J., Costa, G. L., Ichikawa, J. K., Lee, C. C., Sudbrak, R., Borodina, T. A., Dahl, A., Davydov, A. N., Marquardt, P., Mertes, F., Nietfeld, W., Rosenstiel, P., Schreiber, S., Soldatov, A. V., Timmermann, B., Tolzmann, M., Affourtit, J., Ashworth, D., Attiya, S., Bachorski, M., Buglione, E., Burke, A., Caprio, A., Celone, C., Clark, S., Conners, D., Desany, B., Gu, L., Guccione, L., Kao, K., Kebbel, A., Knowlton, J., Labrecque, M., McDade, L., Mealmaker, C., Minderman, M., Nawrocki, A., Niazi, F., Pareja, K., Ramenani, R., Riches, D., Song, W., Turcotte, C., Wang, S., Dooling, D., Fulton, L., Fulton, R., Weinstock, G., Burton, J., Carter, D. M., Churcher, C., Coffey, A., Cox, A., Palotie, A., Quail, M., Skelly, T., Stalker, J., Swerdlow, H. P., Turner, D., De Witte, A., Giles, S., Bainbridge, M., Challis, D., Sabo, A., Yu, F., Yu, J., Fang, X., Guo, X., Tai, S., Wu, H., Zheng, X., Zhou, Y., Garrison, E. P., Huang, W., Indap, A., Lee, W. P., Leong, W. F., Quinlan, A. R., Ward, A. N., Daly, M. J., DePristo, M. A., Ball, A. D., Banks, E., Browning, B. L., Garimella, K. V., Grossman, S. R., Hanna, M., Hartl, C., Kernytsky, A. M., Korn, J. M., Li, H., Maguire, J. R., McKenna, A., Nemesh, J. C., Philippakis, A. A., Poplin, R. E., Price, A., Rivas, M. A., Sabeti, P. C., Schaffner, S. F., Shlyakhter, I. A., Cooper, D. N., Ball, E. V., Mort, M., Phillips, A. D., Stenson, P. D., Makarov, V., Bustamante, C. D., Boyko, A., Degenhardt, J., Gravel, S., Gutenkunst, R. N., Kaganovich, M., Keinan, A., Lacroute, P., Ma, X., Reynolds, A., Clarke, L., Cunningham, F., Herrero, J., Keenen, S., Kulesha, E., Leinonen, R., McLaren, W. M., Radhakrishnan, R., Smith, R. E., Zalunin, V., Zheng-Bradley, X., Stütz, A. M., Bauer, M., Cox, T., Eberle, M., James, T., Kahn, S., Murray, L., Hyland, F. C., Manning, J. M., McLaughlin, S. F., Sakarya, O., Sun, Y. A., Tsung, E. F., Albrecht, M. W., Amstislavskiy, V. S., Herwig, R., Parkhomchuk, D. V., Agarwala, R., Khouri, H., Morgulis, A. O., Paschall, J. E., Phan, L. D., Rotmistrovsky, K. E., Sanders, R. D., Shumway, M. F., Xiao, C., Auton, A., Lunter, G., Marchini, J. L., Moutsianas, L., Myers, S., Tumian, A., Knight, J., Winer, R., Craig, D. W., Beckstrom-Sternberg, S. M., Christoforides, A., Kurdoglu, A. A., Pearson, J. V., Sinari, S. A., Tembe, W. D., Haussler, D., Hinrichs, A. S., Katzman, S. J., Kern, A., Kuhn, R. M., Przeworski, M., Hernandez, R. D., Howie, B., Kelley, J. L., Melton, S. C., Anderson, P., Blackwell, T., Chen, W., Cookson, W. O., Ding, J., Kang, H. M., Lathrop, M., Liang, L., Moffatt, M. F., Scheet, P., Sidore, C., Zhan, X., Zöllner, S., Awadalla, P., Casals, F., Idaghdour, Y., Keebler, J., Stone, E. A., Zilversmit, M., Jorde, L., Xing, J., Aksay, G., Sahinalp, S. C., Sudmant, P. H., Koboldt, D. C., McLellan, M. D., Wallis, J. W., Wendl, M. C., Zhang, Q., Albers, C. A., Ayub, Q., Balasubramaniam, S., Barrett, J. C., Chen, Y., Danecek, P., Dermitzakis, E. T., Hu, M., Huang, N., Jin, H., Jostins, L., Keane, T. M., Le, S. Q., Lindsay, S., Long, Q., MacArthur, D. G., Montgomery, S. B., Parts, L., Tyler-Smith, C., Balasubramanian, S., Bjornson, R., Du, J., Habegger, L., Haraksingh, R., Jee, J., Lam, H. Y., Jeng, J., Zhang, Z., Bank, E., Yoon, S., Kidd, J., Coafra, C., Dinh, H., Kovar, C., Lee, S., Nazareth, L., Wilkinson, J., Khouri, H. M., Scott, C., Gharani, N., Kaye, J. S., Kent, A., Li, T., McGuire, A. L., Ossorio, P. N., Rotimi, C. N., Su, Y., Toji, L. H., Brooks, L. D., Felsenfeld, A. L., McEwen, J. E., Abdallah, A., Juenger, C. R., Clemm, N. C., Duncanson, A., Green, E. D., Guyer, M. S. & Peterson, J. L., Feb 3 2011, In: Nature. 470, 7332, p. 59-65 7 p.

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    • Modernizing reference genome assemblies

      Church, D. M., Schneider, V. A., Graves, T., Auger, K., Cunningham, F., Bouk, N., Chen, H. C., Agarwala, R., McLaren, W. M., Ritchie, G. R. S., Albracht, D., Kremitzki, M., Rock, S., Kotkiewicz, H., Kremitzki, C., Wollam, A., Trani, L., Fulton, L., Fulton, R., Matthews, L., & 19 othersWhitehead, S., Chow, W., Torrance, J., Dunn, M., Harden, G., Threadgold, G., Wood, J., Collins, J., Heath, P., Griffiths, G., Pelan, S., Grafham, D., Eichler, E. E., Weinstock, G., Mardis, E. R., Wilson, R. K., Howe, K., Flicek, P. & Hubbard, T., Jul 2011, In: PLoS biology. 9, 7, e1001091.

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    • Recurrent DNMT3A mutations in patients with myelodysplastic syndromes

      Walter, M. J., Ding, L., Shen, D., Shao, J., Grillot, M., McLellan, M., Fulton, R., Schmidt, H., Kalicki-Veizer, J., O'Laughlin, M., Kandoth, C., Baty, J., Westervelt, P., Dipersio, J. F., Mardis, E. R., Wilson, R. K., Ley, T. J. & Graubert, T. A., Jul 2011, In: Leukemia. 25, 7, p. 1153-1158 6 p.

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    • Sequencing a mouse acute promyelocytic leukemia genome reveals genetic events relevant for disease progression

      Wartman, L. D., Larson, D. E., Xiang, Z., Ding, L., Chen, K., Lin, L., Cahan, P., Klco, J. M., Welch, J. S., Li, C., Payton, J. E., Uy, G. L., Varghese, N., Ries, R. E., Hoock, M., Koboldt, D. C., McLellan, M. D., Schmidt, H., Fulton, R. S., Abbott, R. M., & 12 othersCook, L., McGrath, S. D., Fan, X., Dukes, A. F., Vickery, T., Kalicki, J., Lamprecht, T. L., Graubert, T. A., Tomasson, M. H., Mardis, E. R., Wilson, R. K. & Ley, T. J., Apr 1 2011, In: Journal of Clinical Investigation. 121, 4, p. 1445-1455 11 p.

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    • The draft genome of the parasitic nematode Trichinella spiralis

      Mitreva, M., Jasmer, D. P., Zarlenga, D. S., Wang, Z., Abubucker, S., Martin, J., Taylor, C. M., Yin, Y., Fulton, L., Minx, P., Yang, S. P., Warren, W. C., Fulton, R. S., Bhonagiri, V., Zhang, X., Hallsworth-Pepin, K., Clifton, S. W., McCarter, J. P., Appleton, J., Mardis, E. R., & 1 othersWilson, R. K., Mar 2011, In: Nature Genetics. 43, 3, p. 228-235 8 p.

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    • The functional spectrum of low-frequency coding variation

      Marth, G. T., Yu, F., Indap, A. R., Garimella, K., Gravel, S., Leong, W. F., Tyler-Smith, C., Bainbridge, M., Blackwell, T., Zheng-Bradley, X., Chen, Y., Challis, D., Clarke, L., Ball, E. V., Cibulskis, K., Cooper, D. N., Fulton, B., Hartl, C., Koboldt, D., Muzny, D., & 16 othersSmith, R., Sougnez, C., Stewart, C., Ward, A., Yu, J., Xue, Y., Altshuler, D., Bustamante, C. D., Clark, A. G., Daly, M., DePristo, M., Flicek, P., Gabriel, S., Mardis, E., Palotie, A. & Gibbs, R., Sep 14 2011, In: Genome biology. 12, 9, R84.

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    • Use of whole-genome sequencing to diagnose a cryptic fusion oncogene

      Welch, J. S., Westervelt, P., Ding, L., Larson, D. E., Klco, J. M., Kulkarni, S., Wallis, J., Chen, K., Payton, J. E., Fulton, R. S., Veizer, J., Schmidt, H., Vickery, T. L., Heath, S., Watson, M. A., Tomasson, M. H., Link, D. C., Graubert, T. A., DiPersio, J. F., Mardis, E. R., & 2 othersLey, T. J. & Wilson, R. K., Apr 20 2011, In: JAMA. 305, 15, p. 1577-1584 8 p.

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    • 2010

      A catalog of reference genomes from the human microbiome

      Nelson, K. E., Weinstock, G. M., Highlander, S. K., Worley, K. C., Creasy, H. H., Wortman, J. R., Rusch, D. B., Mitreva, M., Sodergren, E., Chinwalla, A. T., Feldgarden, M., Gevers, D., Haas, B. J., Madupu, R., Ward, D. V., Birren, B. W., Gibbs, R. A., Methe, B., Petrosino, J. F., Strausberg, R. L., & 64 othersSutton, G. G., White, O. R., Wilson, R. K., Durkin, S., Giglio, M. G., Gujja, S., Howarth, C., Kodira, C. D., Kyrpides, N., Mehta, T., Muzny, D. M., Pearson, M., Pepin, K., Pati, A., Qin, X., Yandava, C., Zeng, Q., Zhang, L., Berlin, A. M., Chen, L., Hepburn, T. A., Johnson, J., McCorrison, J., Miller, J., Minx, P., Nusbaum, C., Russ, C., Sykes, S. M., Tomlinson, C. M., Young, S., Warren, W. C., Badger, J., Crabtree, J., Markowitz, V. M., Orvis, J., Cree, A., Ferriera, S., Fulton, L. L., Fulton, R. S., Gillis, M., Hemphill, L. D., Joshi, V., Kovar, C., Torralba, M., Wetterstrand, K. A., Abouellleil, A., Wollam, A. M., Buhay, C. J., Ding, Y., Dugan, S., FitzGerald, M. G., Holder, M., Hostetler, J., Clifton, S. W., Allen-Vercoe, E., Earl, A. M., Farmer, C. N., Liolios, K., Surette, M. G., Russo Wortman, J., Xu, Q., Pohl, C., Wilczek-Boney, K. & Zhu, D., May 21 2010, In: Science. 328, 5981, p. 994-999 6 p.

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    • A human genome structural variation sequencing resource reveals insights into mutational mechanisms

      Kidd, J. M., Graves, T., Newman, T. L., Fulton, R., Hayden, H. S., Malig, M., Kallicki, J., Kaul, R., Wilson, R. K. & Eichler, E. E., Nov 24 2010, In: Cell. 143, 5, p. 837-847 11 p.

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      207 Scopus citations

    • A map of human genome variation from population-scale sequencing

      Altshuler, D. L., Durbin, R. M., Abecasis, G. R., Bentley, D. R., Chakravarti, A., Clark, A. G., Collins, F. S., De La Vega, F. M., Donnelly, P., Egholm, M., Flicek, P., Gabriel, S. B., Gibbs, R. A., Knoppers, B. M., Lander, E. S., Lehrach, H., Mardis, E. R., McVean, G. A., Nickerson, D. A., Peltonen, L., & 348 othersSchafer, A. J., Sherry, S. T., Wang, J., Wilson, R. K., Deiros, D., Metzker, M., Muzny, D., Reid, J., Wheeler, D., Wang, S. J., Li, J., Jian, M., Li, G., Li, R., Liang, H., Tian, G., Wang, B., Wang, J., Wang, W., Yang, H., Zhang, X., Zheng, H., Ambrogio, L., Bloom, T., Cibulskis, K., Fennell, T. J., Jaffe, D. B., Shefler, E., Sougnez, C. L., Bentley, I. D. R., Gormley, N., Humphray, S., Kingsbury, Z., Koko-Gonzales, P., Stone, J., Mc Kernan, K. J., Costa, G. L., Ichikawa, J. K., Lee, C. C., Sudbrak, R., Borodina, T. A., Dahl, A., Davydov, A. N., Marquardt, P., Mertes, F., Nietfeld, W., Rosenstiel, P., Schreiber, S., Soldatov, A. V., Timmermann, B., Tolzmann, M., Affourtit, J., Ashworth, D., Attiya, S., Bachorski, M., Buglione, E., Burke, A., Caprio, A., Celone, C., Clark, S., Conners, D., Desany, B., Gu, L., Guccione, L., Kao, K., Kebbel, A., Knowlton, J., Labrecque, M., McDade, L., Mealmaker, C., Minderman, M., Nawrocki, A., Niazi, F., Pareja, K., Ramenani, R., Riches, D., Song, W., Turcotte, C., Wang, S., Dooling, D., Fulton, L., Fulton, R., Weinstock, G., Burton, J., Carter, D. M., Churcher, C., Coffey, A., Cox, A., Palotie, A., Quail, M., Skelly, T., Stalker, J., Swerdlow, H. P., Turner, D., De Witte, A., Giles, S., Bainbridge, M., Challis, D., Sabo, A., Yu, F., Yu, J., Fang, X., Guo, X., Li, Y., Luo, R., Tai, S., Wu, H., Zheng, H., Zheng, X., Zhou, Y., Marth, G. T., Garrison, E. P., Huang, W., Indap, A., Kural, D., Lee, W. P., Leong, W. F., Quinlan, A. R., Stewart, C., Stromberg, M. P., Ward, A. N., Wu, J., Lee, C., Mills, R. E., Shi, X., Daly, M. J., DePristo, M. A., Ball, A. D., Banks, E., Browning, B. L., Garimella, K. V., Grossman, S. R., Handsaker, R. E., Hanna, M., Hartl, C., Kernytsky, A. M., Korn, J. M., Li, H., Maguire, J. R., McKenna, A., Nemesh, J. C., Philippakis, A. A., Poplin, R. E., Price, A., Rivas, M. A., Sabeti, P. C., Schaffner, S. F., Shlyakhter, I. A., Cooper, D. N., Ball, E. V., Mort, M., Phillips, A. D., Stenson, P. D., Sebat, J., Makarov, V., Ye, K., Yoon, S. C., Bustamante, C. D., Boyko, A., Degenhardt, J., Gravel, S., Gutenkunst, R. N., Kaganovich, M., Keinan, A., Lacroute, P., Ma, X., Reynolds, A., Clarke, L., Cunningham, F., Herrero, J., Keenen, S., Kulesha, E., Leinonen, R., McLaren, W. M., Radhakrishnan, R., Smith, R. E., Zalunin, V., Korbel, J. O., Stütz, A. M., Humphray, I. S., Bauer, M., Cheetham, R. K., Cox, T., Eberle, M., James, T., Kahn, S., Murray, L., Ye, K., Fu, Y., Hyland, F. C. L., Manning, J. M., Stephen, F. M., Peckham, H. E., Sakarya, O., Sun, Y. A., Tsung, E. F., Mark, A. B., Konkel, M. K., Walker, J. A., Albrecht, M. W., Amstislavskiy, V. S., Herwig, R., Parkhomchuk, D. V., Agarwala, R., Khouri, H. M., Morgulis, A. O., Paschall, J. E., Phan, L. D., Rotmistrovsky, K. E., Sanders, R. D., Shumway, M. F., Xiao, C., Gil, A. M., Auton, A., Iqbal, Z., Lunter, G., Marchini, J. L., Moutsianas, L., Myers, S., Tumian, A., Knight, J., Winer, R., Craig, D. W., Beckstrom-Sternberg, S. M., Christoforides, A., Kurdoglu, A. A., Pearson, J. V., Sinari, S. A., Tembe, W. D., Haussler, D., Hinrichs, A. S., Katzman, S. J., Kern, A., Kuhn, R. M., Przeworski, M., Hernandez, R. D., Howie, B., Kelley, J. L., Melton, S. C., Li, Y., Anderson, P., Blackwell, T., Chen, W., Cookson, W. O., Ding, J., Kang, H. M., Lathrop, M., Liang, L., Moffatt, M. F., Scheet, P., Sidore, C., Snyder, M., Zhan, X., Zöllner, S., Awadalla, P., Casals, F., Idaghdour, Y., Keebler, J., Stone, E. A., Zilversmit, M., Jorde, L., Xing, J., Eichler, E. E., Aksay, G., Alkan, C., Hajirasouliha, I., Hormozdiari, F., Kidd, J. M., CenkSahinalp, S., Sudmant, P. H., Chen, K., Chinwalla, A., Ding, L., Koboldt, D. C., McLellan, M. D., Wallis, J. W., Wendl, M. C., Zhang, Q., Albers, C. A., Ayub, Q., Balasubramaniam, S., Barrett, J. C., Chen, Y., Conrad, D. F., Danecek, P., Dermitzakis, E. T., Hu, M., Huang, N., Matt, E. H., Jin, H., Jostins, L., Keane, T. M., Quang Le, S., Lindsay, S., Long, Q., MacArthur, D. G., Montgomery, S. B., Parts, L., Chris Tyler-Smith, T-S., Walter, K., Zhang, Y., Gerstein, M. B., Snyder, M., Abyzov, A., Balasubramanian, S., Bjornson, R., Grubert, F., Habegger, L., Haraksingh, R., Khurana, E., Lam, H. Y. K., Leng, J., Mu, X. J., Urban, A. E., Zhang, Z., McCarroll, S. A., Zheng-Bradley, X., Batzer, M. A., Hurles, M. E., Du, J., Jee, J., Coafra, C., Dinh, H., Kovar, C., Lee, S., Nazareth, L., Wilkinson, J., Coffey, A., Scott, C., Tyler-Smith, C., Gharani, N., Kaye, J. S., Kent, A., Li, T., McGuire, A. L., Ossorio, P. N., Rotimi, C. N., Su, Y., Toji, L. H., Felsenfeld, A. L., McEwen, J. E., Abdallah, A., Juenger, C. R., Clemm, N. C., Duncanson, A., Green, E. D., Guyer, M. S. & Peterson, J. L., Oct 28 2010, In: Nature. 467, 7319, p. 1061-1073 13 p.

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    • Characterization of missing human genome sequences and copy-number polymorphic insertions

      Kidd, J. M., Sampas, N., Antonacci, F., Graves, T., Fulton, R., Hayden, H. S., Alkan, C., Malig, M., Ventura, M., Giannuzzi, G., Kallicki, J., Anderson, P., Tsalenko, A., Yamada, N. A., Tsang, P., Kaul, R., Wilson, R. K., Bruhn, L. & Eichler, E. E., May 2010, In: Nature Methods. 7, 5, p. 365-371 7 p.

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    • Chimpanzee and human y chromosomes are remarkably divergent in structure and gene content

      Hughes, J. F., Skaletsky, H., Pyntikova, T., Graves, T. A., Van Daalen, S. K. M., Minx, P. J., Fulton, R. S., McGrath, S. D., Locke, D. P., Friedman, C., Trask, B. J., Mardis, E. R., Warren, W. C., Repping, S., Rozen, S., Wilson, R. K. & Page, D. C., Jan 28 2010, In: Nature. 463, 7280, p. 536-539 4 p.

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    • Diversity of human copy number variation and multicopy genes

      Sudmant, P. H., Kitzman, J. O., Antonacci, F., Alkan, C., Malig, M., Tsalenko, A., Sampas, N., Bruhn, L., Shendure, J., Eichler, E. E., Altshuler, D. L., Durbin, R. M., Abecasis, G. R., Bentley, D. R., Chakravarti, A., Clark, A. G., Collins, F. S., De La Vega, F. M., Donnelly, P., Egholm, M., & 343 othersFlicek, P., Gabriel, S. B., Gibbs, R. A., Knoppers, B. M., Lander, E. S., Lehrach, H., Mardis, E. R., McVean, G. A., Nickerson, D. A., Peltonen, L., Schafer, A. J., Sherry, S. T., Wang, J., Wilson, R. K., Deiros, D., Metzker, M., Muzny, D., Reid, J., Wheeler, D., Li, J., Jian, M., Li, G., Li, R., Liang, H., Tian, G., Wang, B., Wang, W., Yang, H., Zhang, X., Zheng, H., Ambrogio, L., Bloom, T., Cibulskis, K., Fennell, T. J., Jaffe, D. B., Shefler, E., Sougnez, C. L., Gormley, N., Humphray, S., Kingsbury, Z., Koko-Gonzales, P., Stone, J., McKernan, K. J., Costa, G. L., Ichikawa, J. K., Lee, C. C., Sudbrak, R., Borodina, T. A., Dahl, A., Davydov, A. N., Marquardt, P., Mertes, F., Nietfeld, W., Rosenstiel, P., Schreiber, S., Soldatov, A. V., Timmermann, B., Tolzmann, M., Affourtit, J., Ashworth, D., Attiya, S., Bachorski, M., Buglione, E., Burke, A., Caprio, A., Celone, C., Clark, S., Conners, D., Desany, B., Gu, L., Guccione, L., Kao, K., Kebbel, A., Knowlton, J., Labrecque, M., McDade, L., Mealmaker, C., Minderman, M., Nawrocki, A., Niazi, F., Pareja, K., Ramenani, R., Riches, D., Song, W., Turcotte, C., Wang, S., Dooling, D., Fulton, L., Fulton, R., Weinstock, G., Burton, J., Carter, D. M., Churcher, C., Coffey, A., Cox, A., Palotie, A., Quail, M., Skelly, T., Stalker, J., Swerdlow, H. P., Turner, D., De Witte, A., Giles, S., Bainbridge, M., Challis, D., Sabo, A., Yu, F., Yu, J., Fang, X., Guo, X., Li, Y., Luo, R., Tai, S., Wu, H., Zheng, X., Zhou, Y., Marth, G. T., Garrison, E. P., Huang, W., Indap, A., Kural, D., Lee, W. P., Leong, W. F., Quinlan, A. R., Stewart, C., Stromberg, M. P., Ward, A. N., Wu, J., Lee, C., Mills, R. E., Shi, X., Daly, M. J., DePristo, M. A., Ball, A. D., Banks, E., Browning, B. L., Garimella, K. V., Grossman, S. R., Handsaker, R. E., Hanna, M., Hartl, C., Kernytsky, A. M., Korn, J. M., Li, H., Maguire, J. R., McCarroll, S. A., McKenna, A., Nemesh, J. C., Philippakis, A. A., Poplin, R. E., Price, A., Rivas, M. A., Sabeti, P. C., Schaffner, S. F., Shlyakhter, I. A., Cooper, D. N., Ball, E. V., Mort, M., Phillips, A. D., Stenson, P. D., Sebat, J., Makarov, V., Ye, K., Yoon, S. C., Bustamante, C. D., Boyko, A., Degenhardt, J., Gravel, S., Gutenkunst, R. N., Kaganovich, M., Keinan, A., Lacroute, P., Ma, X., Reynolds, A., Clarke, L., Cunningham, F., Herrero, J., Keenen, S., Kulesha, E., Leinonen, R., McLaren, W. M., Radhakrishnan, R., Smith, R. E., Zalunin, V., Zheng-Bradley, X., Korbel, J. O., Stütz, A. M., Bauer, M., Cheetham, R. K., Cox, T., Eberle, M., James, T., Kahn, S., Murray, L., Fu, Y., Hyland, F. C., Manning, J. M., McLaughlin, S. F., Peckham, H. E., Sakarya, O., Sun, Y. A., Tsung, E. F., Batzer, M. A., Konkel, M. K., Walker, J. A., Albrecht, M. W., Amstislavskiy, V. S., Herwig, R., Parkhomchuk, D. V., Agarwala, R., Khouri, H. M., Morgulis, A. O., Paschall, J. E., Phan, L. D., Rotmistrovsky, K. E., Sanders, R. D., Shumway, M. F., Xiao, C., Auton, A., Iqbal, Z., Lunter, G., Marchini, J. L., Moutsianas, L., Myers, S., Tumian, A., Knight, J., Winer, R., Craig, D. W., Beckstrom-Sternberg, S. M., Christoforides, A., Kurdoglu, A. A., Pearson, J. V., Sinari, S. A., Tembe, W. D., Haussler, D., Hinrichs, A. S., Katzman, S. J., Kern, A., Kuhn, R. M., Przeworski, M., Hernandez, R. D., Howie, B., Kelley, J. L., Melton, S. C., Anderson, P., Blackwell, T., Chen, W., Cookson, W. O., Ding, J., Kang, H. M., Lathrop, M., Liang, L., Moffatt, M. F., Scheet, P., Sidore, C., Snyder, M., Zhan, X., Zöllner, S., Awadalla, P., Casals, F., Idaghdour, Y., Keebler, J., Stone, E. A., Zilversmit, M., Jorde, L., Xing, J., Aksay, G., Hajirasouliha, I., Hormozdiari, F., Kidd, J. M., Sahinalp, S. C., Chen, K., Chinwalla, A., Ding, L., Koboldt, D. C., McLellan, M. D., Wallis, J. W., Wendl, M. C., Zhang, Q., Albers, C. A., Ayub, Q., Balasubramaniam, S., Barrett, J. C., Chen, Y., Conrad, D. F., Danecek, P., Dermitzakis, E. T., Hu, M., Huang, N., Hurles, M. E., Jin, H., Jostins, L., Keane, T. M., Le, S. Q., Lindsay, S., Long, Q., MacArthur, D. G., Montgomery, S. B., Parts, L., Tyler-Smith, C., Walter, K., Zhang, Y., Gerstein, M. B., Abyzov, A., Balasubramanian, S., Bjornson, R., Du, J., Grubert, F., Habegger, L., Haraksingh, R., Jee, J., Khurana, E., Lam, H. Y., Leng, J., Mu, X. J., Urban, A. E., Zhang, Z., Coafra, C., Dinh, H., Kovar, C., Lee, S., Nazareth, L., Wilkinson, J., Scott, C., Gharani, N., Kaye, J. S., Kent, A., Li, T., McGuire, A. L., Ossorio, P. N., Rotimi, C. N., Su, Y., Toji, L. H., Brooks, L. D., Felsenfeld, A. L., McEwen, J. E., Abdallah, A., Juenger, C. R., Clemm, N. C., Duncanson, A., Green, E. D., Guyer, M. S. & Peterson, J. L., Oct 29 2010, In: Science. 330, 6004, p. 641-646 6 p.

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    • DNMT3A mutations in acute myeloid leukemia

      Ley, T. J., Ding, L., Walter, M. J., McLellan, M. D., Lamprecht, T., Larson, D. E., Kandoth, C., Payton, J. E., Baty, J., Welch, J., Harris, C. C., Lichti, C. F., Townsend, R. R., Fulton, R. S., Dooling, D. J., Koboldt, D. C., Schmidt, H., Zhang, Q., Osborne, J. R., Lin, L., & 28 othersO'Laughlin, M., McMichael, J. F., Delehaunty, K. D., McGrath, S. D., Fulton, L. A., Magrini, V. J., Vickery, T. L., Hundal, J., Cook, L. L., Conyers, J. J., Swift, G. W., Reed, J. P., Alldredge, P. A., Wylie, T., Walker, J., Kalicki, J., Watson, M. A., Heath, S., Shannon, W. D., Varghese, N., Nagarajan, R., Westervelt, P., Tomasson, M. H., Link, D. C., Graubert, T. A., DiPersio, J. F., Mardis, E. R. & Wilson, R. K., Dec 16 2010, In: New England Journal of Medicine. 363, 25, p. 2424-2433 10 p.

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    • Genome remodelling in a basal-like breast cancer metastasis and xenograft

      Ding, L., Ellis, M. J., Li, S., Larson, D. E., Chen, K., Wallis, J. W., Harris, C. C., McLellan, M. D., Fulton, R. S., Fulton, L. L., Abbott, R. M., Hoog, J., Dooling, D. J., Koboldt, D. C., Schmidt, H., Kalicki, J., Zhang, Q., Chen, L., Lin, L., Wendl, M. C., & 49 othersMcMichael, J. F., Magrini, V. J., Cook, L., McGrath, S. D., Vickery, T. L., Appelbaum, E., Deschryver, K., Davies, S., Guintoli, T., Lim, L., Crowder, R., Tao, Y., Snider, J. E., Smith, S. M., Dukes, A. F., Sanderson, G. E., Pohl, C. S., Delehaunty, K. D., Fronick, C. C., Pape, K. A., Reed, J. S., Robinson, J. S., Hodges, J. S., Schierding, W., Dees, N. D., Shen, D., Locke, D. P., Wiechert, M. E., Eldred, J. M., Peck, J. B., Oberkfell, B. J., Lolofie, J. T., Du, F., Hawkins, A. E., Oĝlaughlin, M. D., Bernard, K. E., Cunningham, M., Elliott, G., Mason, M. D., Thompson, D. M., Ivanovich, J. L., Goodfellow, P. J., Perou, C. M., Weinstock, G. M., Aft, R., Watson, M., Ley, T. J., Wilson, R. K. & Mardis, E. R., Apr 15 2010, In: Nature. 464, 7291, p. 999-1005 7 p.

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    • Genome sequence of Cronobacter sakazakii BAA-894 and comparative genomic hybridization analysis with other cronobacter species

      Kucerova, E., Clifton, S. W., Xia, X. Q., Long, F., Porwollik, S., Fulton, L., Fronick, C., Minx, P., Kyung, K., Warren, W., Fulton, R., Feng, D., Wollam, A., Shah, N., Bhonagiri, V., Nash, W. E., Hallsworth-Pepin, K., Wilson, R. K., McClelland, M. & Forsythe, S. J., Mar 8 2010, In: PloS one. 5, 3, e9556.

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    • 2009

      Acquired copy number alterations in adult acute myeloid leukemia genomes

      Walter, M. J., Payton, J. E., Ries, R. E., Shannon, W. D., Deshmukh, H., Zhao, Y., Baty, J., Heath, S., Westervelt, P., Watson, M. A., Tomasson, M. H., Nagarajan, R., O'Gara, B. P., Bloomfield, C. D., Mrózek, K., Selzer, R. R., Richmond, T. A., Kitzman, J., Geoghegan, J., Eis, P. S., & 9 othersMaupin, R., Fulton, R. S., McLellan, M., Wilson, R. K., Mardis, E. R., Link, D. C., Graubert, T. A., DiPersio, J. F. & Ley, T. J., Aug 4 2009, In: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 106, 31, p. 12950-12955 6 p.

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    • BreakDancer: An algorithm for high-resolution mapping of genomic structural variation

      Chen, K., Wallis, J. W., McLellan, M. D., Larson, D. E., Kalicki, J. M., Pohl, C. S., McGrath, S. D., Wendl, M. C., Zhang, Q., Locke, D. P., Shi, X., Fulton, R. S., Ley, T. J., Wilson, R. K., Ding, L. & Mardis, E. R., 2009, In: Nature Methods. 6, 9, p. 677-681 5 p.

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    • Characterizing a model human gut microbiota composed of members of its two dominant bacterial phyla

      Mahowald, M. A., Rey, F. E., Seedorf, H., Turnbaugh, P. J., Fulton, R. S., Wollam, A., Shah, N., Wang, C., Magrini, V., Wilson, R. K., Cantarel, B. L., Coutinho, P. M., Henrissat, B., Crock, L. W., Russell, A., Verberkmoes, N. C., Hettich, R. L. & Gordon, J. I., Apr 7 2009, In: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 106, 14, p. 5859-5864 6 p.

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    • Comparative genomics of protoploid Saccharomycetaceae

      Souciet, J. L., Dujon, B., Gaillardin, C., Johnston, M., Baret, P. V., Cliften, P., Sherman, D. J., Weissenbach, J., Westhof, E., Wincker, P., Jubin, C., Poulain, J., Barbe, V., Ségurens, B., Artiguenave, F., Anthouard, V., Vacherie, B., Val, M. E., Fulton, R. S., Minx, P., & 34 othersWilson, R., Durrens, P., Jean, G., Marck, C., Martin, T., Nikolski, M., Rolland, T., Seret, M. L., Casarégola, S., Despons, L., Fairhead, C., Fischer, G., Lafontaine, I., Leh, V., Lemaire, M., De Montigny, J., Neuvéglise, C., Thierry, A., Blanc-Lenfle, I., Bleykasten, C., Diffels, J., Fritsch, E., Frangeul, L., Goëffon, A., Jauniaux, N., Kachouri-Lafond, R., Payen, C., Potier, S., Pribylova, L., Ozanne, C., Richard, G. F., Sacerdot, C., Straub, M. L. & Talla, E., Oct 2009, In: Genome research. 19, 10, p. 1696-1709 14 p.

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    • Detailed analysis of a contiguous 22-Mb region of the maize genome

      Wei, F., Stein, J. C., Liang, C., Zhang, J., Fulton, R. S., Baucom, R. S., De Paoli, E., Zhou, S., Yang, L., Han, Y., Pasternak, S., Narechania, A., Zhang, L., Yeh, C. T., Ying, K., Nagel, D. H., Collura, K., Kudrna, D., Currie, J., Lin, J., & 35 othersKim, H. R., Angelova, A., Scara, G., Wissotski, M., Golser, W., Courtney, L., Kruchowski, S., Graves, T. A., Rock, S. M., Adams, S., Fulton, L. A., Fronick, C., Courtney, W., Kramer, M., Spiegel, L., Nascimento, L., Kalyanaraman, A., Chaparro, C., Deragon, J. M., Miguel, P. S., Jiang, N., Wessler, S. R., Green, P. J., Yu, Y., Schwartz, D. C., Meyers, B. C., Bennetzen, J. L., Martienssen, R. A., McCombie, W. R., Aluru, S., Clifton, S. W., Schnable, P. S., Ware, D., Wilson, R. K. & Wing, R. A., Nov 2009, In: PLoS genetics. 5, 11, e1000728.

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